Pada 26 Mei 1837 Hobson berlayar ke Bay of Islands berdekatan New Zealand atas permintaan pertolongan Residen James Busby yang merasa terancam oleh perang antara puak-puak Māori di situ. Hobson kembali ke England pada tahun 1838 dengan laporan mengenai New Zealand, di mana beliau mencadangkan penjajahan British ke atas pulau-pulau ini secara kecil-kecilan, sepertimana yang dilakukan Syarikat Teluk Hudson di Kanada.[2]

Pada bulan November 1840, Ratu Victoria menandatangani piagam diraja memisahkan New Zealand daripada tanah jajahan mahkota New South Wales. Hobson mengangkat sumpah sebagai Gabenor dan Panglima Tertinggi jajahan baru ini pada 3 Mei 1841.

Hobson meninggal akibat angin ahmar pada 10 September 1842 sebelum beliau sempat ditarik balik jawatannya. Beliau dikuburkan di Tanah Perkuburan Symonds Street di Auckland.